Le Musée a pour mission la conservation, la recherche, la diffusion et l’éducation. Ses champs d’intérêt privilégiés sont l'art contemporain québécois, la photographie ethnologique de l’Est-du-Québec et la production des artistes du Bas-Saint-Laurent. Le Musée cible en priorité les clientèles bas-laurentiennes et touristiques tout en cherchant à diffuser hors région les productions muséologiques développées par l’institution.

Le Musée se veut un miroir de la région et des gens qui y vivent. Il est une fenêtre ouverte sur le Québec, le Canada et le monde entier. Par des actions qui s’expriment autant à l’intérieur qu’à l’extérieur de ses murs, le Musée du Bas-Saint-Laurent vise à rendre accessibles ses produits offerts et ses collections au plus grand nombre de personnes possible. Le Musée cherche à communiquer aux gens de la région le sentiment que le MBSL leur appartient.

Les objectifs poursuivis par le Musée relativement à la conservation et à  la recherche découlent directement de sa mission: constituer une collection significative d’œuvres d’artistes marquants en art moderne québécois et d’œuvres d’artistes régionaux en art moderne, plus précisément par l’acquisition de sculptures, de dessins, de peintures, d’estampes et de photographies; et constituer une collection significative de fonds photographiques de l’Est du Québec.

Les objectifs de diffusion/éducation poursuivis par le biais d’activités se déroulant à l’intérieur du Musée sont les suivants : assurer un renouvellement du contenu des expositions permanentes ; offrir au milieu et aux institutions scolaires des activités permettant de sensibiliser leurs clientèles à nos produits ; produire des expositions en art moderne et en photographie ethnologique portant sur nos collections, sur des artistes marquants de l’histoire de l’art québécois et sur des artistes régionaux ; de même que présenter des artistes régionaux en arts visuels sans égard à la période qu’ils représentent.

Les objectifs de diffusion/éducation poursuivis par le biais d’activités extra muros se comptent parmi ceux-ci : intégrer nos collections au quotidien des gens ; privilégier les nouveaux médias pour diffuser nos collections ; faire connaître nos productions muséales à travers le Canada et utiliser la publication pour accompagner et prolonger la diffusion de certaines de nos productions.